En konfiguration för Batch kan även läggas per projekt, vitsen med det är att kunna styra hur ett projekt skall plottas. Konfigurationen kan även låsas, så att användaren inte kan välja att lägga till eller ta bort kommandon i listan.

Konfigurationen görs under fliken Batch i projektkonfigurationen. Längst ned i dialogen anges i vilken xml-fil konfigurationen skall sparas.