Chaos Desktops projektkonfiguration ligger samlad i en fil, chaosdesktop.xml. Filen kan inte nås via Chaos Desktop. Om du vill byta projektkonfiguration, tar du bort chaosdesktop.xml mha av utforskaren. Du kan också lägga dit en ny via utforskaren eller mha av Chaos Desktop. I Chaos Desktop markerar du projektmappen, högerklickar och väljer konvertera till projekt, då kan du välja bland de projektmallar du har.